신라때 처음 지어진 것으로 전해진다. 전설에 따르면신라 진평왕때원효가 아홉 마리의용이 승천한 연못을 메우고 창건했다. "신륵(神勒)"이라는 절 이름의 유래로는 세 가지 이야기가 있다. 첫 번째는 신이한미륵(彌勒)에서 유래했다는 이야기이다.[1]두 번째와 세 번째는 신륵사의 륵(勒)자는 말을 다스린다는 뜻이 있다는 것과 관련이 있다.[2]두 번째는고려 우왕때왕사 나옹(王寺懶翁)이 사람들에게 피해를 주는 용마를 신비한 굴레를 씌워 얌전하게 다스렸다는 이야기이다.[1][2]세 번째는고려 고종때 건너마을에 사나운 용마가 자주 나타나 사람들을 괴롭히자 승려인당(印塘)이 나타나 고삐를 잡아채자 순해졌다는 이야기이다.[2]설화에 나타난 신력과 굴레에서 신륵(神勒)이라는 이름이 나왔다고 전해진다.
신륵사에서는 고려의 고승인 나옹이 머물러 절이 크게 확장되었다. 나옹은1376년(우왕 2)에 신륵사에서 사망하여[1]이색이 이곳에 대장각을 짓고 《대장경》을 봉안했다. 지금은 나옹과 나옹의 제자인무학의 영정이 봉안되어 있다.[3]1379년(우왕 5)에 각신(覺信)·각주(覺珠) 등이 이 절을 크게 짓고, 나옹의 부도(浮屠)를 세웠다.
조선 시대에는1440년(세종 22)에 중수하였으며,[1]1473년(성종 4)에세종의 능인 영릉을 여주로 이장하면서 영릉의 원찰로 신륵사가 지정되었다.[1]이때 국가에서 확장하여 크게 중수되어 사찰명은보은사(報恩寺)로 바뀌었다.[1]1671년(현종 12)에는계헌(戒軒),[1]1702년(숙종 28)에는위학(偉學)·천심(天心) 등이 중수하였다.[1]